Trong các đợt của cuộc Tổng tiến công và nổi dậy năm 1968, cán bộ, phóng viên Báo Quân giải phóng bám sát các cánh quân tiến vào thành phố Sài Gòn. Nhiều nhà báo bị thương như Phạm Phú Bằng, Đặng Văn Nhưng, Trần Phấn Chấn vẫn kiên quyết bám trụ, điều trị lành vết thương lại tiếp tục tác nghiệp. Nhà báo Thân Trọng Hân đi cùng một đơn vị Quân giải phóng vào Ngã Năm chuồng chó, hy sinh ngay trên đường phố Sài Gòn. Nhà báo Nguyễn Ngọc Châu đi cùng một đơn vị thuộc Phân khu 2 tiến công trên hướng Tây Nam Sài Gòn, hy sinh sau khi chiến đấu quyết liệt với địch ở khu vực Phú Lâm, Chợ Đệm. Từ năm 1969 cho đến hết cuộc kháng chiến chống Mỹ, cán bộ, phóng viên Báo Quân giải phóng luôn có mặt ở nơi chiến sự ác liệt nhất, và “viết bất kể thời gian, bất cần điều kiện, viết dưới tầm bom đạn, viết trong hầm trú ẩn, với không biết bao nhiêu lần bị thương, máu nhuộm loang cả trang viết. Bởi ai cũng tâm niệm rằng: chiến sĩ hy sinh là hoàn thành nhiệm vụ, nhà báo hy sinh thì nhiệm vụ chưa hoàn thành”.
Không chỉ ngoài mặt trận, những người làm việc ở tòa soạn, “vòng trong” cũng hàng ngày đối diện với những khó khăn ác liệt không kém. Trong giai đoạn đầu, khi chưa có lực lượng phóng viên vòng ngoài, bộ phận thư ký tòa soạn (chỉ có 2 người) phải vừa đi đặt bài, nhận bài, biên tập, làm maquette, sửa lỗi morasse, đưa in, và chuyển báo ra trạm giao liên để kịp phát hành đến tay người đọc. Các kỹ thuật viên khắc bản gỗ Nghiệp, Hóa, Vững; các họa sĩ vẽ minh họa Lê Thành Công và cả Phó phòng Tuyên huấn Lê Thế Thưởng làm việc không kể ngày đêm. Từ năm 1966, công việc ở tòa soạn thuận lợi hơn do được tăng cường lực lượng, tuy nhiên, do bị địch thường xuyên đánh phá càn quét, cơ quan phải liên tục di chuyển. Đường từ tòa soạn đến nhà in phải đi hết 1 ngày bằng xe đạp, có khi bị địch thả bom xóa hết dấu đi cũ hoặc nhà in đã di chuyển nơi khác, nên người đưa bài đi in và chở báo về thường bị lạc hoặc ngủ lại giữa rừng. Lại có những thời điểm nhà in bị bom Mỹ thả bom làm hư hỏng không thể hoạt động, bài vở biên tập xong phải tìm cách chuyển đến người đọc qua làn sóng của Đài Phát thanh Giải phóng. (Báo vẫn dàn trang như những số bình thường, nhưng không in ra giấy mà chỉ giới thiệu và đọc trên đài phát thanh). Chuyên viên khắc bản gỗ Văn Nghiệp, phụ trách tư liệu và maquette Tấn Nghiệm, thư ký đánh máy Mỹ Dung đã hy sinh trong khi tìm đánh biệt kích địch hoặc bị bom B52 rải thảm. Tính đến ngày 30-4-1975, Báo Quân giải phóng đã có 25 cán bộ, phóng viên, biên tập viên được tặng thưởng Huân chương Chiến công và các danh hiệu Dũng sĩ diệt Mỹ, Dũng sĩ diệt máy bay, Dũng sĩ diệt xe cơ giới.
Trong gần 12 năm hoạt động, kể từ ngày ra số báo đầu tiên (1-11-1963) đến ngày ra số báo cuối cùng (15-10-1975), Báo Quân giải phóng xuất bản được 338 số. Trong 338 số ấy, các thế hệ cán bộ, phóng viên, biên tập viên của báo công bố hàng nghìn tin bài (chưa kể hàng trăm bài khác được đăng trên các Báo Giải phóng, Quân đội Nhân dân, Nhân dân, Đài Phát thanh Giải phóng, Đài Tiếng nói Việt Nam…) phản ánh mọi hoạt động của quân và dân Nam Bộ, Cực Nam Trung Bộ từ năm 1963 đến năm 1975. Đó là những bài báo quán triệt chủ trương, nhiệm vụ đấu tranh trong từng thời kỳ lịch sử cụ thể; phố biến các tấm gương tập thể và cá nhân điển hình, những thông tin tri thức và bài học kinh nghiệm về xây dựng lực lượng và nghệ thuật quân sự của lực lượng vũ trang; là những bài báo tố cáo bản chất, âm mưu thủ đoạn của đế quốc Mỹ và chính quyền, Quân đội Sài Gòn, khích lệ Nhân dân và lực lượng vũ trang vượt qua mọi gian nan thử thách, tiến lên giành thắng lợi cuối cùng. Hoạt động của Báo Quân giải phóng đã thực sự trở thành một bộ phận quan trọng hợp thành mũi đấu tranh chính trị trong phương châm đấu tranh hai chân ba mũi ba vùng; một thứ vũ khí tin cậy và sắc bén của Quân ủy, Bộ Tư lệnh, các lực lượng vũ trang Nhân dân giải phóng miền Nam Việt Nam trên lĩnh vực chính trị, tư tưởng và văn hóa, góp phần xứng đáng vào thắng lợi chung của cuộc kháng chiến chống Mỹ cứu nước.