Là tổ chức Đoàn hai cấp trực thuộc Đoàn Thanh niên Bộ Tư lệnh TPHCM, Đoàn cơ sở Khu Di tích lịch sử Địa đạo Củ Chi hiện có 7 chi đoàn trực thuộc với hơn 200 đoàn viên công tác phân tán tại nhiều cơ quan, bộ phận khác nhau. Trong nhiệm kỳ 2014 - 2017, được sự quan tâm lãnh đạo, chỉ đạo của Đảng ủy - Ban Giám đốc Khu Di tích lịch sử Địa đạo Củ Chi và sự hướng dẫn chuyên môn của Đoàn Thanh niên Bộ Tư lệnh Thành phố, Ban Chấp hành Đoàn cơ sở Khu Di tích đã triển khai thực hiện đạt hiệu quả cao công tác Đoàn và phong trào thanh niên tại đơn vị. Trong đó, nổi bật là tập trung thực hiện tốt Chỉ thị 03, Chỉ thị 05 của Bộ Chính trị về học tập và làm theo tư tưởng, đạo đức, phong cách Hồ Chí Minh gắn với Cuộc vận động “Phát huy truyền thống, cống hiến tài năng, xứng danh Bộ đội Cụ Hồ”; làm tốt công tác giáo dục chính trị tư tưởng, đạo đức lối sống, pháp luật và giáo dục truyền thống.
Bên cạnh đó, Đoàn cơ sở Khu Di tích lịch sử Địa đạo Củ Chi đã đẩy mạnh thực hiện các phong trào thanh niên gắn với nhiệm vụ chính trị trọng tâm của đơn vị như: “Thanh niên LLVT Thành phố thi đua rèn đức, luyện tài, xung kích, sáng tạo, xứng danh Bộ đội Cụ Hồ”, “Thanh niên LLVT Thành phố xung kích, sáng tạo, vươn tới những đỉnh cao”, “Xung kích xây dựng và bảo vệ Tổ quốc”, “Vì đàn em thân yêu” v.v… Kết quả trong nhiệm kỳ qua, Đoàn cơ sở và 7 chi đoàn trực thuộc đều đạt vững mạnh xuất sắc; 100% đoàn viên đạt xuất sắc và khá, trong đó 85% đoàn viên xuất sắc; 100% chi đoàn đều có công trình thanh niên; giới thiệu cho Đảng kết nạp 11 đoàn viên ưu tú (đạt 100% chỉ tiêu); 100% đoàn viên tham gia các hoạt động phong trào và an sinh xã hội. Nhiều năm liền, Đoàn cơ sở Khu Di tích lịch sử Địa đạo Củ Chi được Trung ương Đoàn, Cục Chính trị Quân khu 7, Thành đoàn TPHCM và Bộ Tư lệnh Thành phố khen thưởng. 5 tập thể và 109 cán bộ, đoàn viên được cấp trên biểu dương, khen thưởng.
Phương hướng nhiệm kỳ 2017 - 2019, Đoàn cơ sở Khu Di tích lịch sử Địa đạo Củ Chi xác định một số chỉ tiêu tập trung thực hiện gồm: Đoàn cơ sở và 7 chi đoàn đạt vững mạnh xuất sắc; 100% đoàn viên đạt xuất sắc và khá, trong đó 85% đạt xuất sắc; 100% đoàn viên, thanh niên an tâm tư tưởng, không có biểu hiện suy thoái về tư tưởng chính tri, đạo đức, lối sống, “tự diễn biến”, “tự chuyển hóa”, sẵn sàng nhận và hoàn thành tốt mọi nhiệm vụ được giao; 100% chi đoàn xây dựng giải pháp nâng cao chất lượng hoạt động chi đoàn; kết nạp 60 thanh niên vào Đoàn và giới thiệu từ 12 đồng chí đoàn viên ưu tú trở lên được kết nạp Đảng.
Đại hội đã bầu Ban Chấp hành nhiệm kỳ 2017 - 2019 và Đoàn đại biểu dự Đại hội đại biểu Đoàn Thanh niên Bộ Tư lệnh TPHCM. Đồng chí Võ Thị Quế Chi tiếp tục được tín nhiệm tái đắc cử Bí thư Đoàn Cơ sở Khu Di tích lịch sử Địa đạo Củ Chi.

Ban Chấp hành Đoàn cơ sở nhiệm kỳ 2017 - 2019 ra mắt Đại hội