Chiến tranh biên giới Tây Nam nổ ra, ngày 14/10/1978 Bộ Tổng Tham Mưu ra Quyết định số 380 thành lập Bệnh viện 7C thuộc Cục Hậu cần Quân khu 7, nằm trong hệ thống các bệnh viện Quân y do Cục Quân y quản lý, biên chế 300 - 400 giường bệnh để tiếp nhận điều trị thương bệnh binh tuyến trước chuyển về. Chiến tranh biên giới Tây Nam kết thúc, thực hiện chủ trương tinh giảm biên chế, BV đã được thu gọn và hoạt động theo mô hình mới “Quân dân y kết hợp”. Ngày 22/12/2001, Tư lệnh QK7 ra Quyết định số 739 xây dựng đề án thành lập Bệnh viện Quân dân miền Đông thuộc Cục Hậu Cần Quân khu 7. Sau 5 năm, ngày 10/10/2006, Bệnh viện được Bộ Quốc phòng ra Quyết định số 168, chính thức thành lập BV Quân dân miền Đông (nay là Bệnh viện Quân dân y miền Đông).
Sau 15 năm hoạt động, với tinh thần dám nghĩ dám làm, tập thể cán bộ đảng viên, công nhân viên Bệnh viện đã nỗ lực phấn đấu không ngừng nhằm nâng cao trình độ chuyên môn, góp phần nâng cao chất lượng khám chữa bệnh cho đồng bào trên địa bàn quận 9, quận 2, quận Thủ Đức thuộc Thành phố Hồ Chí Minh và các tỉnh từ miền Trung, Tây Nguyên trở vào. BV thường xuyên tổ chức các đoàn khám chữa bệnh, cấp thuốc miễn phí và tặng quà cho bà con vùng sâu vùng xa, vùng căn cứ kháng chiến cũ và nhân dân Campuchia.
Để đảm bảo cho bệnh viện hoạt động và phát triển Đảng ủy Ban Giám đốc Bệnh viện đã tổ chức tinh gọn gồm 18 khoa (Trong đó có 11 khoa lâm sàng, 3 khoa cận lâm sàng, 4 ban, triển khai thu dung điều trị 300 giường bệnh nội trú.
Những năm qua, Bệnh viện đã phát triển mạnh phẫu thuật nội soi ở hầu hết các chuyên khoa: PTNS khớp gối, khớp háng, PTNS tiêu hoá, tiết niệu, sản phụ khoa, lấy sỏi thận qua đường hông lưng, tán sỏi niệu quản ngoài cơ thể; phẫu thuật Phaco. Các kỹ thuật được nâng dần độ khó và từ 2013 đến nay phát triển chuyên môn theo hướng chuyên sâu, triển khai thực hiện được hầu hết các kỹ thuật chuyên ngành chấn thương chỉnh hình, tổng quát, tiết niệu; bổ sung thêm xét nghiệm huyết học, sinh hóa, miễn dịch; chụp cộng hưởng từ (MRI); thực hiện tủ máu dự trữ phục vụ cấp cứu nhanh chóng, kịp thời.

Ứng dụng công nghệ thông tin trong quản lý tổng thể Bệnh viện: Phần mềm Hospisoft quản lý tổng thể các mặt công tác Bệnh viện được đưa vào sử dụng từ năm 2008: quản lý khám bệnh, chỉ định và trả kết quả cận lâm sàng, quản lý thuốc và vật tư y tế tiêu hao, thanh toán viện phí, quản lý ngày công, tiền lương và các khoản phụ cấp dựa trên lao động thực tế.
Xây dựng kế hoạch bảo đảm quân y phục vụ công tác SSCĐ bảo vệ đơn vị, tham gia ứng cứu thảm hoạ, phòng, chống cháy, nổ, … theo các hướng được phân công. Duy trì lực lượng trực chuyên môn, trực SSCĐ các đợt cao điểm, lễ, Tết. Thường xuyên luân chuyển cơ số thuốc và trang thiết bị phục vụ cấp cứu. Hỗ trợ tích cực và hiệu quả với địa phương và các cơ quan, đơn vị trên địa bàn trong cấp cứu, xử trí ngộ độc thực phẩm hàng loạt, kiểm soát hiệu quả dịch, bệnh…
Trong những năm qua, Bệnh viện đã tổ chức 77 đoàn cán bộ khám chữa bệnh, cấp thuốc và tặng quà người dân nghèo vùng sâu, vùng xa trên địa bàn Thành phố Hồ Chí Minh, các tỉnh miền Trung, Tây Nguyên, biên giới và nhân dân Campuchia. Trao 2 nhà đồng đội, 5 nhà tình thương. Tham gia chương trình LLVT QK7 chung sức xây dựng nông thôn mới và Hành trình Quân đội chung tay vì sức khoẻ cộng đồng: giúp xây dựng được 1 bệnh xá tại xã Đạ Tông, huyện Đam Rông, tỉnh Lâm Đồng; 2 Trạm xá Quân dân y tại xã Hưng Phước và xã Phước Thiện, huyện Bù Đốp, tỉnh Bình Phước gần 400 triệu đồng.
Thường xuyên thực hiện duy tu, sửa chữa, nâng cấp cơ sở hạ tầng trong khả năng cho phép. Thực hiện khai thác, sử dụng triệt để và tiết kiệm trang bị kỹ thuật phục vụ hoạt động bệnh viện. Ngành Tài chính đảm bảo quản lý thu, chi đúng nguyên tắc, đúng thủ tục, không để thiếu, mất, không có hiện tượng tham ô, lãng phí.