Tiền thân là bệnh viện quân y nhưng do yêu cầu của nhiệm vụ xây dựng Tổ quốc trong tình hình mới, từ năm 2002, Bộ Quốc phòng và Bộ Tư lệnh Quân khu 7 quyết định chuyển đổi thành Bệnh viện Quân dân y miền Đông hoạt động theo cơ chế là đơn vị sự nghiệp công lập tự hạch toán trong hoạt động dịch vụ khám chữa bệnh cho nhân dân và các đối tượng khác.
Từ chỗ giới hạn qui mô khám chữa bệnh phục vụ cho bộ đội, các đối tượng chính sách, gia đình có công đến nay Bệnh viện đă mở rộng phạm vi cứu chữa, nhận khám chữa bệnh cho mọi tầng lớp nhân dân. Trong số hàng trăm ngàn lượt người đến khám chữa bệnh tại đây, có hơn 95% bệnh nhân khám dịch vụ y tế và bảo hiểm y tế góp phần tích cực trong việc giảm lưu lượng bệnh nhân đang trong tình trạng quá tải tại các bệnh viện nội ô trên địa bàn thành phố Hồ Chí Minh.
Với những thành tích nổi bật trong 15 năm qua, Bệnh viện được Thủ tướng Chính phủ, Bộ Quốc phòng, Bộ Y tế, Bộ Tư lệnh Quân khu 7 tặng nhiều bằng, giấy khen, cờ thưởng đơn vị xuất sắc trong phong trào thi đua quyết thắng
Dịp này, bệnh viện vinh dự Chủ tịch Nước CHXHCN Việt Nam tặng Huân chương Lao động Hạng Ba.