Ngày 8-12-1998, Bộ Quốc phòng quyết định thành lập Binh đoàn 16 trực thuộc Bộ Quốc phòng, đứng chân trên địa bàn 3 tỉnh Bình Phước, Đắk Nông và Đắk Lắk. Những ngày đầu, Binh đoàn 16 gặp muôn vàn khó khăn, gian khổ. Bộ đội ở nhờ nhà dân, nhà bạt, uống nước suối. Tư lệnh lấy giày làm gối, lấy áo thay màn, người lao động phải ở nhà tạm, nhiều người bị sốt rét rụng hết tóc. Nhưng vẫn những con người ấy cứ miệt mài mở đường, ươm, trồng, chăm sóc vườn cây.
Kế thừa và phát huy phẩm chất tốt đẹp của “Bộ đội Cụ Hồ” trên mặt trận lao động sản xuất, phát triển kinh tế - xã hội, củng cố quốc phòng - an ninh, trung với Đảng, hiếu với dân, đoàn kết, dân chủ, sáng tạo, chịu đựng khó khăn gian khổ, các khu dự án kinh tế - quốc phòng dọc tuyến biên giới, diện mạo nông thôn mới trong vùng dự án của binh đoàn ngày càng khang trang, hình thành các cụm dân cư tạo thành một vành đai biên giới vững chắc; gắn kết chặt chẽ giữa hộ người Kinh với hộ đồng bào dân tộc thiểu số, tạo thành sức mạnh tổng hợp để thực hiện thắng lợi mục tiêu kinh tế - quốc phòng.
20 năm xây dựng và trưởng thành, cán bộ, chiến sĩ, công nhân viên, người lao động Binh đoàn 16 qua các thời kỳ đã nêu cao tinh thần đoàn kết, ý chí cách mạng tiến công, khắc phục khó khăn, xây dựng và phát triển các khu kinh tế - quốc phòng đúng hướng, làm thay đổi rõ nét diện mạo của vùng dự án, đạt mục tiêu về chính trị, kinh tế - xã hội, quốc phòng - an ninh. Đến nay, các khu kinh tế - quốc phòng của binh đoàn đã phát triển bền vững, khẳng định vị trí, vai trò, tầm quan trọng và hiệu quả trong xóa đói giảm nghèo, phát triển kinh tế - xã hội; tăng cường tiềm lực quốc phòng - an ninh, xây dựng “thế trận lòng dân” trên địa bàn chiến lược, góp phần giữ vững an ninh chính trị, trật tự an toàn xã hội và chủ quyền lãnh thổ; phát huy truyền thống của quân đội, xây đắp nên truyền thống vẻ vang của binh đoàn.
Nhiều gia đình công nhân, hộ nhận khoán vươn lên làm giàu, thu nhập 100-400 triệu đồng/năm, tiêu biểu: Gia đình công nhân Lâm Ngọc Lợi (dân tộc Khơme), Bùi Thị Thúy, Trung đoàn 717; gia đình công nhân Hồ Văn Khuôn, Trung đoàn 719; gia đình Giàng A Vảng, dân tộc Hơmông và Bùi Mai Ngọc, Trung đoàn 720...; đặc biệt hộ công nhân Nguyễn Thị Tám, Trung đoàn 726 thu nhập 700 triệu đồng/năm. Nhiều tập thể, cá nhân được Bộ Quốc phòng và địa phương tặng nhiều bằng khen.
Thực tiễn qua 20 năm xây dựng và trưởng thành đã để lại nhiều bài học quý báu, đó là: Quán triệt sâu sắc đường lối, chủ trương, chính sách, pháp luật của Đảng và Nhà nước, nhiệm vụ của quân đội, binh đoàn; bám sát thực tiễn, kiên quyết, chủ động, sáng tạo trong lãnh đạo, chỉ đạo, tổ chức thực hiện về nhiệm vụ kinh tế - quốc phòng trong từng giai đoạn lịch sử của binh đoàn. Thường xuyên coi trọng xây dựng đảng bộ vững mạnh về chính trị, tư tưởng, tổ chức và đạo đức, không ngừng nâng cao năng lực lãnh đạo và sức chiến đấu của các tổ đảng là nhân tố quyết định sự trưởng thành và hoàn thành nhiệm vụ của binh đoàn qua các thời kỳ. Gắn bó chặt chẽ kinh tế với quốc phòng trong xây dựng các khu kinh tế - quốc phòng, không ngừng tăng cường tiềm lực quân sự - quốc phòng. Làm tốt công tác dân vận, xây dựng “thế trận lòng dân” vững chắc, không ngừng nâng cao đời sống vật chất, tinh thần cho nhân dân vùng dự án, nhất là đồng bào dân tộc thiểu số tại chỗ.
Trong thời gian tới, thuận lợi là cơ bản, song khó khăn, thử thách vẫn còn nhiều, cán bộ, chiến sĩ, công nhân viên, người lao động Binh đoàn 16 phấn đấu thực hiện thắng lợi mọi nhiệm vụ được giao. đó là: Đấu tranh có hiệu quả làm thất bại âm mưu “diễn biến hòa bình” của các thế lực thù địch; chủ động phòng, chống “tự diễn biến”, “tự chuyển hóa” trong nội bộ, góp phần củng cố, giữ vững an ninh chính trị, trật tự an toàn xã hội trên tuyến biên giới, vùng sâu, vùng xa, xây dựng các khu kinh tế - quốc phòng vững mạnh. Giữ vững nguyên tắc tập trung dân chủ, giữ nghiêm kỷ luật, kỷ cương, chăm lo xây dựng đoàn kết nội bộ; thực hiện tốt Nghị quyết Trung ương 4 (khóa XII) Đảng bộ không có suy thoái về tư tưởng chính trị và đạo đức, lối sống, đẩy mạnh “Học tập và làm theo tư tưởng, đạo đức, phong cách Hồ Chí Minh”; xây dựng đảng bộ trong sạch vững mạnh, binh đoàn vững mạnh toàn diện.
Bên cạnh đó, thường xuyên nâng cao chất lượng huấn luyện, tăng cường rèn luyện kỷ luật, xây dựng nền nếp chính quy, xây dựng môi trường văn hóa, tốt đẹp, lành mạnh, phong phú, đáp ứng yêu cầu, nhiệm vụ trong giai đoạn mới. Tích cực tham gia xây dựng cơ sở chính trị, phát triển kinh tế - xã hội, gắn với quốc phòng - an ninh, gắn bó máu thịt với đảng bộ, chính quyền và nhân dân địa phương, người lao động vùng dự án, góp phần xây dựng khu kinh tế - quốc phòng Nam Đắk Lắk - Bình Phước ngày càng giàu mạnh.