Cơ quan Thường trực Bộ Tư lệnh BĐBP phía Nam có nhiệm vụ tham mưu cho Thường vụ Đảng ủy, Bộ tư lệnh BĐBP tổ chức kiểm tra, đôn đốc, hướng dẫn các đơn vị phía Nam (từ Bình Định, Kon Tum trở vào) triển khai thực hiện các Nghị quyết, chủ trương, chỉ thị, mệnh lệnh của Đảng ủy, Bộ Tư lệnh BĐBP thực hiện nhiệm vụ công tác biên phòng, xây dựng Đảng và xây dựng lực lượng trong phạm vi được giao.
Thời gian qua, Cơ quan Thường trực Bộ Tư lệnh BĐBP phía Nam thường xuyên theo dõi nắm chắc tình hình trên biên giới, tham mưu cho Đảng ủy, Bộ tư lệnh BĐBP lãnh đạo, triển khai thực hiện thắng lợi nhiệm vụ quản lý, bảo vệ toàn vẹn độc lập chủ quyền lãnh thổ, an ninh biên giới Quốc gia, chỉ đạo các đơn vị thực hiện tốt công tác phòng, chống dịch Covid-19. Thường trực Bộ Tư lệnh BĐBP đã thành lập nhiều đoàn đoàn công tác lên biên giới trực tiếp theo dõi nắm tình hình, kiểm tra, hướng dẫn các đơn vị và thăm, động viên cán bộ, chiến sĩ làm nhiệm vụ quản lý, bảo vệ biên giới, phòng, chống dịch. Cơ quan đã vận động các nguồn lực vật chất, trang thiết bị y tế, nhu yếu phẩm thiết yếu hỗ trợ các đơn vị BĐBP phía Nam trong công tác phòng, chống dịch Covid-19 trị giá hơn 20 tỷ đồng.
Cùng với đó, Cơ quan Thường trực Bộ Tư lệnh BĐBP phía Nam chỉ đạo các đơn vị chủ trì, phối hợp đấu tranh thành công nhiều chuyên án triệt phá các đường dây tội phạm về mua bán, vận chuyển ma túy, mua bán người, tổ chức đưa, đón người xuất nhập cảnh trái phép qua biên giới và vùng biển Tây Nam… Đồng thời, chỉ đạo các đơn vị tham mưu cho cấp ủy, chính quyền địa phương phối hợp với các lực lượng đẩy mạnh công tác tuyên truyền, phổ biến giáo dục pháp uật cho nhân dân, triển khai nhiều mô hình, phong trào mang ý nghĩa nhân văn sâu sắc nhằm hỗ trợ và đồng hành cùng đồng bào các dân tộc trên khu vực biên giới và nhân dân vượt qua khó khăn do đại dịch Covid-19.