Với tính chất nhiệm vụ diễn ra thường xuyên, liên tục, nhiều nhiệm vụ đột xuất, để hoàn thành tốt, Đại tá Phạm Khắc Toán quán triệt sâu sắc phương châm “Làm hết việc chứ không hết giờ”, lấy chất lượng, hiệu quả công việc để giáo dục, rèn luyện cấp dưới. Nhận nhiệm vụ, anh xác định rõ những việc cần làm ngay, từ đó xây dựng kế hoạch công tác chặt chẽ, khoa học. Trong cuộc sống hằng ngày, anh luôn mẫu mực, quan tâm, sâu sát đời sống bộ đội, chia sẻ, giúp đỡ những đồng chí trong đơn vị có hoàn cảnh khó khăn. Những việc làm theo gương Bác hằng ngày đối với anh, trước hết là giữ vững sự đoàn kết nội bộ để tạo sức mạnh tổng hợp trong chỉ huy, điều hành, triển khai thực hiện các nhiệm vụ chính trị trung tâm trong từng giai đoạn của đơn vị. Anh thực hiện đúng nguyên tắc tập trung dân chủ, các chủ trương, mọi vấn đề đều được đưa ra Đảng ủy, Bộ CHQS tỉnh bàn bạc thống nhất chủ trương và biện pháp. Là người chỉ huy, anh luôn gương mẫu trong lời nói và việc làm, mẫu mực trong thực hiện lễ tiết tác phong quân nhân, duy trì và thực hiện nghiêm chế độ ngày, tuần.
Trên cương vị của mình, Đại tá Phạm Khắc Toán đã cùng tập thể Đảng ủy, Bộ CHQS tỉnh tham mưu Tỉnh ủy, UBND tỉnh thực hiện tốt nhiệm vụ quân sự, quốc phòng địa phương. Chỉ đạo lực lượng quân báo, trinh sát phối hợp chặt chẽ cơ quan chức năng, tăng cường bám nắm cơ sở, địa bàn, tích cực xây dựng cơ sở chính trị; nắm chắc tình hình, hoạt động chống phá của các thế lực thù địch, tôn giáo hoạt động trái pháp luật... kịp thời có biện pháp chỉ đạo, góp phần giữ vững ổn định chính trị, trật tự an toàn xã hội trên địa bàn.
Trong công tác huấn luyện, Đại tá Phạm Khắc Toán đã chỉ đạo các cơ quan, đơn vị huấn luyện theo phương châm “Cơ bản, thiết thực, chất lượng”, thành thạo về kỹ thuật, chiến thuật, có sức cơ động cao đáp ứng yêu cầu trong mọi tình huống. Lực lượng thường trực chú trọng huấn luyện đêm, huấn luyện dã ngoại, rèn luyện hành quân xa mang vác nặng, giúp bộ đội có sức khỏe tốt, thích nghi với mọi điều kiện; tăng cường huấn luyện đánh địch cơ động đường bộ, đổ bộ đường không, phòng ngự chốt giữ các khu vực trọng điểm. Đồng thời, nâng cao chất lượng diễn tập chiến thuật có bắn đạn thật cấp trung đội, đại đội và diễn tập chiến thuật vòng tổng hợp cấp đại đội sát với nhiệm vụ tác chiến phòng thủ của tỉnh biên giới.
Lập được nhiều thành tích trong huấn luyện, xây dựng đơn vị vững mạnh toàn diện, chỉ tính từ năm 2012 đến nay, anh đều đạt danh hiệu Chiến sĩ thi đua cấp cơ sở; năm nào anh cũng nhận bằng khen của UBND tỉnh, Quân khu 7 và năm 2018 được Bộ Quốc phòng tặng bằng khen. Phần thưởng lớn nhất đối với Đại tá Phạm Khắc Toán chính là niềm tin yêu, sự trân trọng của đồng chí, đồng đội. Anh xứng đáng là tấm gương để cán bộ, chiến sĩ trong LLVT tỉnh Bình Phước học tập, noi theo.