Tháng 12-2011, bệnh viện chuyển về vị trí mới tại phường Tân Xuân, thị xã Đồng Xoài (nay là TP Đồng Xoài), tỉnh Bình Phước. Năm 2013, bệnh viện đổi tên thành Bệnh viện Quân dân y 16, nằm trong đội hình của Binh đoàn 16. Bệnh viện Quân dân y 16 thực hiện nhiệm vụ chăm sóc sức khỏe cán bộ, chiến sĩ, công nhân viên, người lao động trong vùng dự án của binh đoàn; khám, điều trị bệnh cho LLVT và nhân dân trong tỉnh Bình Phước, Đắc Nông..., sẵn sàng phục vụ chiến đấu, phòng, chống thảm họa, thiên tai, dịch bệnh...

Trong 20 năm qua, cán bộ, thầy thuốc, nhân viên của Bệnh viện Quân dân y 16 đã nỗ lực vượt khó, hoàn thành xuất sắc các nhiệm vụ được giao. Giai đoạn 2010-2020, bệnh viện nhiều lần được Chính phủ, Bộ Quốc phòng, Bộ tư lệnh Binh đoàn 16 tặng Cờ thi đua và được Thủ tướng Chính phủ, Bộ trưởng Bộ Quốc phòng, Bộ trưởng Bộ Y tế, Chủ nhiệm Tổng cục Chính trị, Chủ tịch UBND tỉnh Bình Phước, Tư lệnh Binh đoàn 16 tặng bằng khen vì có thành tích xuất sắc trong thực hiện nhiệm vụ. Năm 2020, đơn vị được Chủ tịch nước tặng thưởng Huân chương Lao động hạng Ba.
Lãnh đạo, chỉ huy các cấp trong bệnh viện thường xuyên duy trì nghiêm các quy chế, nội quy, quy trình làm việc, chế độ hội chẩn, công tác khám, ghi bệnh án, tâm lý tiếp xúc. Công tác huấn luyện nâng cao trình độ chuyên môn nghiệp vụ cho đội ngũ y sĩ, bác sĩ theo chuyên ngành cũng như kỹ năng giao tiếp, văn hóa ứng xử được duy trì chặt chẽ..., góp phần nâng cao chất lượng công tác chăm sóc toàn diện bệnh nhân, mang đến sự hài lòng cho người bệnh và thân nhân.
5 năm gần đây, bệnh viện đã khám 265.000 lượt người, điều trị 35.000 ca, phẫu thuật 9.300 ca, tỷ lệ sử dụng giường từ 115,3 đến 138,5%. Bệnh viện bảo đảm an toàn tuyệt đối trong khám bệnh và điều trị; quản lý tốt buồng bệnh, vật tự trang thiết bị; đáp ứng đầy đủ thuốc, hóa chất, vật tư tiêu hao phục vụ người bệnh; thực hiện khám sức khỏe định kỳ cho cán bộ, chiến sĩ, nhân viên toàn binh đoàn; phối hợp với y tế dự phòng khu vực chủ động triển khai các biện pháp phòng, chống dịch bệnh; nhất là dịch cúm AH5N1, dịch sốt xuất huyết, bạch cầu, sốt rét, dịch tả lợn châu Phi, dịch Covid-19 trên địa bàn.
Không chỉ hoàn thành tốt nhiệm chính trị trọng tâm, những năm qua, Bệnh viện Quân dân y 16 còn làm tốt công tác dân vận với nhiều chương trình, hoạt động, như: Thăm hỏi, tặng quà gia đình chính sách, gia đình có hoàn cảnh đặc biệt khó khăn nhân dịp các ngày lễ, tết; bệnh nhân nghèo nằm điều trị tại bệnh viện với tổng trị giá gần 600 triệu đồng. Hằng năm, bệnh viện tổ chức thăm, tặng quà Bà mẹ Việt Nam anh hùng, học sinh nghèo vượt khó trên địa bàn nhân dịp các ngày lễ, tết. Thăm hỏi, tặng quà thương binh, bệnh binh, hộ nghèo, hộ dân tộc thiểu số điều trị tại bệnh viện nhân Ngày Thương binh-Liệt sĩ và Tết Nguyên đán trị giá hàng trăm triệu đồng.
Trong hành trình “Quân đội chung tay vì sức khỏe cộng đồng”, bệnh viện đã tổ chức 8-10 đợt khám bệnh, tư vấn, phát thuốc miễn phí, tặng quà các gia đình chính sách, hộ nghèo, hộ đồng bào dân tộc thiểu số thuộc vùng sâu, vùng xa, biên giới. Bằng những việc làm thiết thực, cán bộ, y sĩ, bác sĩ Bệnh viện Quân y 16 đã tô thắm thêm hình ảnh Bộ đội Cụ Hồ trong lòng đồng bào các dân tộc thiểu số và cấp ủy, chính quyền địa phương, góp phần giữ vững đoàn kết nội bộ, củng cố và tăng cường mối quan hệ đoàn kết máu thịt quân dân, giữ vững an ninh, chính trị, trật tự an toàn xã hội tại địa bàn đóng quân.
Hiện nay, Bệnh viện Quân dân y 16 đang đẩy mạnh đổi mới, nâng cao chất lượng công tác chuyên môn, năng lực phục vụ, sự an toàn điều trị, đạo đức nghề nghiệp cũng như văn hóa bệnh viện. Đẩy mạnh đầu tư, ứng dụng công nghệ thông tin trong việc quản lý thu dung, cấp cứu, điều trị, bảo hiểm y tế, thuốc, hóa chất... và triển khai hiệu quả các kế hoạch, hướng dẫn, báo cáo, quản lý thư viện hồ sơ bệnh án, không để xảy ra sai sót, nhầm lẫn; xây dựng bệnh viện mẫu mực về y đức, giỏi về y thuật, hoàn thành tốt mọi nhiệm vụ được giao.