Cuối tháng 4/2021, khi xuất hiện ca dương tính mới với virut SASR-CoV-2 tại quận Bình Tân, Bộ Tư lệnh TPHCM lập tức chỉ đạo các cơ quan, đơn vị kích hoạt lại qui trình phòng chống dịch, thực hiện nghiêm thông điệp 5K và các qui định phòng, chống dịch trong huấn luyện, công tác, sinh hoạt.
Bộ Tư lệnh Thành phố quán triệt, triển khai các văn bản chỉ đạo của cấp trên về phòng chống dịch, đặc biệt là Chỉ thị số 05 ngày 28/1/2021 của Thủ tướng Chính phủ về một số biện pháp cấp bách phòng, chống dịch Covid-19 và Công văn số 600 ngày 5/5/2021 của Bộ Y tế về điều chỉnh thời gian cách ly tập trung, thời gian quản lý sau khi kết thúc cách ly tập trung và xét nghiệm phòng, chống Covid-19.
Quán triệt phương châm “chống dịch như chống giặc”, các cơ quan, đơn vị LLVT thành phố triển khai đồng bộ, quyết liệt biện pháp phòng, chống dịch; thực hiện phương châm “5 tại chỗ”, bảo đảm tốt nhân lực, cơ sở vật chất, trang thiết bị y tế, hóa chất phòng dịch. Bộ Tư lệnh thành phố kiện toàn 2 tổ phòng, chống dịch cơ động và tổ truy vết tại các đơn vị trực thuộc; phối hợp Sở Y tế và Trung tâm Kiểm soát Bệnh tật thành phố tiêm ngừa vắc xin phòng Covid-19 cho 100% cán bộ, chiến sĩ làm nhiệm vụ tại các khu cách ly và Ban Chỉ đạo phòng, chống dịch Covid-19 Bộ Tư lệnh Thành phố. Từ đầu đợt bùng phát dịch đến nay, LLVT thành phố không có trường hợp nào dương tính với virut SASR-CoV-2, không có lây chéo trong các khu cách ly của đơn vị.
Địa bàn TPHCM tiếp giáp với hai tỉnh Tây Ninh, Long An có tuyến biên giới với Campuchia, tiềm ẩn nguy cơ lây lan dịch do nhập cảnh trái phép, cùng với đó, trung bình mỗi ngày, thành phố có khoảng 1.000 đến 1.500 người từ nước ngoài nhập cảnh qua sân bay Tân Sơn Nhất. Để thực hiện tốt nhiệm vụ cách ly 100% người nước ngoài nhập cảnh vào Việt Nam và công dân từ vùng dịch trong nước đến TPHCM, Bộ Tư lệnh Thành phố đang phối hợp với các quận, huyện và lực lượng chức năng duy trì hoạt động 36 khu cách ly và điều trị Covid-19, qui mô gần 22.300 giường, trong đó có 4 khu cách ly và điều trị do LLVT thành phố quản lý là: Bệnh viện dã chiến Củ Chi, Khu C - Trường Quân sự Thành phố, Trung đoàn 10 và khu cách ly tại xã Long Thới, huyện Nhà Bè.
Để đảm bảo cho công tác cách ly phòng chống dịch ở các cấp độ cao hơn, ngày 24/5, UBND TPHCM nhất trí với đề xuất giao Bộ Tư lệnh Thành phố sử dụng cơ sở 2 của Bệnh viện điều trị Covid-19 Cần Giờ để tổ chức tiếp nhận cách ly tập trung cho người nhập cảnh với quy mô 300 giường, đồng thời chỉ đạo Bộ Tư lệnh Thành phố phối hợp với Sở Y tế tiến hành khảo sát 10 khu cách ly do Quân đội quản lý và 6 khu cách ly do Sở Y tế quản lý với qui mô hơn 33.000 giường, sẵn sàng đáp ứng nhu cầu cách ly giai đoạn 2 của thành phố khi tình hình dịch diễn biến phức tạp hơn.
Chấp hành chỉ đạo của UBND TP.HCM về thiết lập chốt kiểm soát phòng, chống dịch trên các tuyến đường bộ, đường thủy cửa ngõ vào TP.HCM, từ 0h ngày 15/5/2021, Bộ Tư lệnh Thành phố huy động lực Kiểm soát Quân sự và dân quan tham gia làm nhiệm vụ ở 12 chốt chính và 57 chốt phụ tại các hướng ra vào thành phố.
Tại các điểm chốt, cán bộ, chiến sĩ LLVT thành phố phối hợp với các lực lượng của Công an, Sở Y tế, Thanh tra Giao thông và Ban Quản lý An toàn thực phẩm thành phố làm việc 24/24 giờ, kiểm tra chặt chẽ các phương tiện và người vào thành phố. Quá trình làm nhiệm vụ, cán bộ, chiến sĩ bảo đảm tác phong, ngôn phong, giữ an toàn tuyệt đối, nhất là chấp hành nghiêm quy định dịch tễ của Bộ Y tế để giảm thiểu tối đa nguy cơ lây nhiễm.
Xác định trong bất luận tình huống nào Quân đội cũng luôn đi đầu trong phòng, chống dịch Covid-19, Bộ Tư lệnh TPHCM đã và đang phối hợp chặt chẽ với các cấp, các ngành, động viên cán bộ, chiến sĩ tham gia phòng, chống dịch với với tinh thần trách nhiệm và quyết tâm cao nhất. Phát hiện sớm, truy vết nhanh, cách ly triệt để, khoanh vùng, dập dịp, điều trị kịp thời, hiệu quả, nhằm ngăn chặn, hạn chế thấp nhất dịch lây nhiễm trong cộng đồng và lây lan vào đơn vị, giữ vững quân số khỏe, đảm bảo LLVT thành phố yên tâm học tập, công tác, sẵn sàng chiến đấu trong mọi tình huống.