
Tháng 8-1965, Quận đội Củ Chi tổ chức tác chiến Bàu Sim. Phong trào quần chúng ngày càng mạnh mẽ, địch điều tên Duân (Thiếu úy an ninh ở Ban 2) về khống chế nhân dân. Quận đội giao cho đồng chí Ba Kiên nhiệm vụ tiêu diệt tên Duân ác ôn. Sau khi nhận nhiệm vụ, đồng chí lên phương án “gần sát, bóp cò”. Sau khi lọt được vào trong nhà, đồng chí hạ gục tên Duân, rồi nhanh chóng rút lui an toàn. Sau trận này, đồng chí được cấp trên rút về xây dựng Đội biệt động tập trung bên ngoài để chuẩn bị cho những kế hoạch tác chiến lớn hơn. Sau 3 tháng tập huấn, đồng chí được điều về hoạt động ở địa bàn Gò Môn, nơi địch phòng thủ khá mạnh.
Cũng trong thời gian này, đồng chí Phan Trung Kiên nhận nhiệm vụ tham gia cùng nhân dân chống càn trên “Vành đai diệt Mỹ”. Đó là thời gian, đồng chí trải qua những ngày nằm hầm địa đạo, chống càn quyết liệt trên đất Phú Hòa Đông. Sau nhiều trận đánh thắng lợi, năm 1966, Chi bộ Đội biệt động đã xét, kết nạp đồng chí Phan Trung Kiên vào Đảng Lao độngViệt Nam. Năm 1967, đồng chí được cử làm Phân đội trưởng Phân đội biệt động. Đồng chí cùng phân đội đã bám trụ trong dân, lập được nhiều chiến công như: đánh Chi công an Hóc Môn, Nhà làng Thới Tam Thôn...
Sau cuộc Tổng tiến công và nổi dậy Xuân Mậu Thân năm 1968, Mỹ - ngụy thi hành kế hoạch “quét và giữ” của tướng A. Bram, nhằm củng cố an ninh, phòng thủ, bảo vệ an toàn cho “Thủ đô Sài Gòn”. Với cương vị là Quận đội phó Hóc Môn, đồng chí Phan Trung Kiên được giao nhiệm vụ bám dân tại các xã Bình Mỹ, Tân Hiệp, Thới Tam Thôn; phát động quần chúng diệt ác, phá kìm, phá ấp chiến lược, đưa dân về địa bàn cũ làm ăn, tạo thế hợp pháp cho bộ đội bám trụ, chiến đấu. Đồng chí đưa đơn vị về trụ tại “Vùng trắng” - vùng không có dân, không có người ở. Đây là một thách thức không nhỏ, làm thế nào để bám trụ được? Đồng chí nghĩ: Trước hết phải lấy tinh thần cho đồng đội, phải tìm việc cho anh em làm. Sau thời gian kiên trì, tích cực, dưới sự chỉ huy của đồng chí Phan Trung Kiên, đất “Vùng trắng” đã hồi sinh trở lại. Qua người dân, ta nắm được tin tức bên trong mà không bị địch nghi ngờ. Trên vùng đất chết, đồng chí Phan Trung Kiên cùng đồng đội kiên trì nhóm lên ngọn lửa cách mạng.
Ngày 27-1-1973, Hiệp định Pari được ký kết. Nhưng ngay sau đó, chính quyền Sài Gòn đã cho quân công khai bắn phá vùng giải phóng. Chịu trách nhiệm về vấn đề quân sự và bảo vệ trật tự trên địa bàn Hóc Môn, đồng chí Phan Trung Kiên trăn trở tìm ra cách đối phó với địch, không để chúng uy hiếp và đi đến quyết định gửi thư “binh vận” đến Giang đoàn 22 và chỉ huy bốt Đá Hàn bên cạnh bến sông. Với lời lẽ ôn tồn, phân tích hợp lý, hợp tình, từ đó, bọn lính ở đồn Đá Hàn không đưa quân ra quấy nhiễu dân; những đoàn tàu của Giang đoàn 22 cũng không còn tác oai, tác quái trên sông.
Năm 1974, đồng chí Phan Trung Kiên được cử đi học tại Trường Trung cấp Chính trị Miền. Khi cuộc Tổng tiến công và nổi dậy mùa Xuân 1975 bước vào đợt Tổng công kích cuối cùng, Tiểu đoàn 2, Trung đoàn Gia Định được phân công tiến công Phân chi khu Xuân Thới Thượng (nút án ngữ cuối cùng của địch ở cửa ngõ phía Tây Thành phố). Trên cương vị Tiểu đoàn trưởng Tiểu đoàn 2, ngày 29-4-1975, đồng chí Phan Trung Kiên chỉ đạo Đại đội 2 đột phá, mở hai cửa, đánh vào Phân chi khu Xuân Thới Thượng, giải phóng hoàn toàn Xuân Thới Thượng.
Sau ngày miền Nam hoàn toàn giải phóng, đất nước thống nhất (1975), đồng chí Phan Trung Kiên tiếp tục đảm nhiệm các chức vụ: Tiểu đoàn trưởng Tiểu đoàn 2, Tham mưu phó, Tham mưu trưởng, Trung đoàn phó Trung đoàn Gia Định, Quân khu 7. Năm 1977, Tập đoàn phản động Pôn Pốt - Iêng Xari thực hiện các cuộc tiến công xâm lấn biên giới Tây Nam nước ta. Trung đoàn Gia Định được giao nhiệm vụ hành quân lên biên giới Tây Ninh, bảo vệ lãnh thổ, bảo vệ nhân dân và truy quét quân địch ra khỏi biên giới. Sau khi lên biên giới, trung đoàn triển khai đội hình chiến đấu ở biên giới Xa Mát, chia thành hai mũi tiến công. Mũi số 1 dưới sự chỉ huy trực tiếp của Tham mưu trưởng Phan Trung Kiên, đánh vào cụm địch đóng tại Vạc Xa – Láng Cát. Sau khi nắm tình hình địch, đồng chí trình bày kế hoạch tác chiến với Ban Chỉ huy Trung đoàn, đồng chí xác định: “Mặc dù sẽ có nhiều diễn biến phức tạp, bất ngờ trong trận đánh, vì bọn Pôn Pốt rất độc ác, nham hiểm, đánh nhau liều chết, nhưng đây là trận đánh mở màn chiến dịch, chúng ta chỉ có quyền thắng, thắng bằng mọi giá. Tôi tin Tiểu đoàn 2 sẽ hoàn thành tốt nhiệm vụ”. Trận mở màn thắng lợi giòn giã. Bộ Chỉ huy tiền phương đánh giá cao thành tích diệt cụm chốt Vạc Xa - Láng Cát, Tiểu đoàn 2 được tặng thưởng Huân chương Chiến công hạng Nhì... Với nhiều chiến công và thành tích xuất sắc đạt được, tháng 11-1978, đồng chí Phan Trung Kiên được phong tặng danh hiệu Anh hùng lực lượng vũ trang nhân dân.
Tháng 9-1980, đồng chí được cử đi học tại Học viện Quân sự Cao cấp (nay là Học viện Quốc phòng). Hoàn thành khóa học (tháng 8-1982), đồng chí đảm nhiệm qua các chức vụ Phó Sư đoàn trưởng - Tham mưu trưởng, rồi Sư đoàn trưởng Sư đoàn 317, Quân khu 7. Tháng 12-1988, đồng chí được bổ nhiệm Phó Tham mưu trưởng, Trưởng phòng Tác chiến, Quân khu 7.
Năm 1990, trên cương vị Phó Chỉ huy trưởng - Tham mưu trưởng Bộ Chỉ huy quân sự Thành phố Hồ Chí Minh, sau khi nghiên cứu tình hình, đặc điểm kinh tế, chính trị, quân sự, an ninh trật tự trên địa bàn, đồng chí đề nghị Thành phố lên phương án phòng thủ, tổ chức các cuộc diễn
tập phòng thủ các cấp. Đồng chí trực tiếp chỉ huy nhiều cuộc diễn tập xử trí tình huống chống địch gây bạo loạn, lật đổ. Trong quá trình thực hiện nhiệm vụ quân sự địa phương, xây dựng ba thứ quân, đồng chí đặc biệt coi trọng công tác giáo dục quốc phòng toàn dân và xây dựng đội ngũ cán bộ cơ sở. Đồng chí thường nhắc nhở các cán bộ, chiến sĩ: Cơ sở và cơ sở, phải làm tốt việc này mới xây dựng tốt nền quốc phòng toàn dân, thế trận chiến tranh nhân dân và xây dựng lực lượng vũ trang vững mạnh.
Năm 1995, đồng chí Phan Trung Kiên được thăng quân hàm Thiếu tướng, đảm nhiệm chức vụ Chỉ huy trưởng Bộ Chỉ huy quân sự Thành phố Hồ Chí Minh. Tháng 6-1996, tại Đại hội Đảng toàn quốc lần thứ VIII, đồng chí được bầu vào Ban Chấp hành Trung ương Đảng; là Ủy viên Đảng ủy Quân sự Trung ương. Thời gian này, dấu ấn đồng chí để lại cho Thành phố rất nhiều, tiêu biểu là các công trình: Trường Thiếu sinh quân; Tháp ăngten cao 125m, phục vụ công tác chỉ huy quân sự, lãnh đạo Thành phố; Nhà truyền thống lực lượng vũ trang Thành phố; tôn tạo, phát triển khu di tích lịch sử địa đạo Củ Chi; quy hoạch, chăm sóc rừng sinh thái ngập mặn Cần Giờ; xây dựng và phát triển Nông trường Tam Tân thành “điểm sáng” về sản xuất kinh tế kết hợp với quốc phòng, tạo việc làm cho hàng trăm người dân trên địa bàn...
Là vị tướng ham học hỏi, nghiên cứu, có nhãn quan nhìn xa, trông rộng, đồng chí Phan Trung Kiên luôn quan tâm chỉ đạo công tác nghiên cứu khoa học quân sự, nghiên cứu lịch sử. Nhiều công trình lịch sử của Thành phố như: Lịch sử Trung đoàn Gia Định, Lịch sử lực lượng vũ trang Thành phố, Tổng kết chiến tranh biên giới Tây Nam và làm nhiệm vụ quốc tế ở Campuchia... đã được nghiên cứu hoàn thành, góp phần lưu giữ truyền thống vẻ vang và làm tài liệu học tập, giáo dục cho các thế hệ.
Tháng 12-1997, đồng chí Phan Trung Kiên được bổ nhiệm làm Tư lệnh Quân khu 7. Năm 1998, đồng chí được thăng quân hàm Trung tướng. Trong thời gian gần 5 năm đảm nhiệm chức vụ Tư lệnh, đồng chí cùng Đảng ủy - Bộ Tư lệnh Quân khu tập trung lãnh đạo, chỉ huy, tháo gỡ dần những khó khăn, tạo ra những hướng đi mới, xây dựng Quân khu 7 xứng đáng là Quân khu trọng điểm. Đồng chí đặc biệt quan tâm chỉ đạo xây dựng các công trình lớn, rất thiết thực phục vụ cho Quân đội như: Trường Quân sự, Nhà thi đấu đa môn, sân vận động Quân khu, Bệnh viện Quân dân y miền Đông...; nhiều doanh trại được tu bổ hoặc xây dựng mới khang trang như: Doanh trại Sư đoàn 317, Bộ Chỉ huy quân sự Thành phố Hồ Chí Minh, Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Bình Phước... Trên lĩnh vực sản xuất kinh tế, đồng chí đã tiến hành sắp xếp lại các doanh nghiệp, chú trọng phát huy nội lực, đưa hoạt động sản xuất kinh doanh đi đúng hướng; bảo đảm việc làm cho hơn 1.500 lao động... Từ đó, phong trào Quỹ tình thương đồng đội cũng được đẩy mạnh, ngày càng phát huy tác dụng, gắn kết với nhiều phong trào của Quân khu trong xây dựng, đoàn kết, cùng nhau vượt khó khăn, hoàn thành tốt nhiệm vụ.
Trong những lần đi khảo sát căn cứ chiến khu và vùng biên giới Quân khu, đồng chí trăn trở nhiều về vùng căn cứ Tà Thiết (huyện Lộc Ninh), nơi Bộ Tư lệnh Miền trú đóng, chỉ đạo cuộc kháng chiến chống Mỹ, cứu nước.
Trong kháng chiến, đồng bào nơi đây có công lớn với Đảng và cách mạng, nhưng cuộc sống hiện tại còn nhiều khó khăn. Cùng Đảng ủy - Bộ Tư lệnh Quân khu, đồng chí tập trung chỉ đạo triển khai, xây dựng khu tái định cư Tà Thiết cho đồng bào dân tộc ít người; đưa ánh sáng của Đảng đến vùng xa, vùng cao không phải bằng lý luận suông mà bằng thực tế: Nhà ở, đường giao thông, bệnh xá, điện thắp sáng, nước sạch và hướng dẫn đồng bào cách làm ăn, nâng cao chất lượng cuộc sống.
Tháng 10-2002, đồng chí được bổ nhiệm cương vị Thứ trưởng Bộ Quốc phòng, phụ trách các vấn đề: Biển Đông, biên giới và hải đảo. Đồng thời, đồng chí còn tham gia vào các ban Chỉ đạo: Tây Bắc, Tây Nguyên, Tây Nam Bộ và trực tiếp chỉ đạo Bộ đội Biên phòng... Tháng 12-2004, đồng chí được thăng quân hàm Thượng tướng. Với trọng trách là Thứ trưởng Bộ Quốc phòng, đồng chí đã đề xuất Bộ Quốc phòng xây dựng hệ thống đồn biên phòng theo 5 mô hình khác nhau để phù hợp với 5 địa hình khác nhau trên toàn quốc. Dự án xây dựng đồn biên phòng mới được Chính phủ hoàn toàn ủng hộ.
Khi đến thăm chiến sĩ ở các hải đảo, nghe người lính tâm sự rằng họ lo lắng mỗi khi ốm đau, việc cấp cứu về đất liền rất khó khăn. Với suy nghĩ, muốn bảo vệ đảo phải có bộ đội; muốn bộ đội trụ vững trên đảo phải có điều kiện giao thông thuận tiện, đồng chí đã đề nghị xây dựng sân bay ở quần đảo Trường Sa. Dự án được Chính phủ phê duyệt, đồng chí Phan Trung Kiên trực tiếp chỉ đạo quá trình xây dựng. Sau hơn 4 tháng, sân bay hoàn thành giai đoạn 1 và được đưa vào sử dụng cho máy bay quân sự. Để trên đảo có đất trồng rau, Thượng tướng đề nghị các nhà khoa học tính toán phương án kè đá, giữ lại cát làm nền, rồi đổ đất lên trên. Nhờ những chuyến tàu chở đất màu ra đảo rải lên cát làm khu đất tăng gia rau xanh 4 mùa, cuộc sống của bộ đội trên đảo được cải thiện rõ rệt…
Năm 2010, đồng chí được nghỉ hưu theo chế độ. Đồng chí Phan Trung Kiên sinh ra ở vùng “Đất Thép” Củ Chi, trưởng thành từ người du kích, biệt động... trải qua bao khó khăn, thử thách của chiến trường, đồng chí luôn thể hiện là người dũng cảm, mưu trí, hy sinh quên mình cống hiến cho cách mạng, cho độc lập, tự do và hạnh phúc của nhân dân. Sau này, trở thành lãnh đạo cao cấp, đồng chí vẫn giữ được tinh thần, ý chí chiến đấu vì Tổ quốc, vì nhân dân. Dù ở cương vị nào, Thượng tướng cũng hoàn thành tốt nhiệm vụ, xứng đáng là tấm gương sáng cho thế hệ trẻ noi theo. Hơn nửa thế kỷ hoạt động cách mạng, trực tiếp chiến đấu, chỉ huy trên chiến trường, có nhiều đóng góp cho sự nghiệp cách mạng của dân tộc, xây dựng nền quốc phòng toàn dân vững mạnh, đồng chí được Đảng và Nhà nước trao tặng nhiều phần thưởng cao quý: Anh hùng lực lượng vũ trang nhân dân (1978); Huân chương Độc lập hạng Ba; 2 Huân chương Chiến công hạng Nhất, Nhì; Huân chương Kháng chiến hạng Nhất; Huân chương Chiến thắng hạng Nhất...